Кафедра строительства и применения Воздушно-космических сил является правопреемницей двух кафедр – оперативного искусства ВВС и оперативного искусства ПВО.
Кафедра оперативного искусства ВВС в Высшей военной академии им. К.Е. Ворошилова была создана 10 декабря 1942 г. Первым начальником кафедры был назначен генерал-майор авиации В.П. Конокотин.
20 мая 1948 г. в составе Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова была образована кафедра ПВО. Начальником кафедры был назначен генерал-лейтенант авиации П.С. Степанов. В дальнейшем кафедра была преобразована в кафедру оперативного искусства ПВО.
В 1998 году, в связи с вхождением войск ПВО в состав ВВС, кафедры оперативного искусства ВВС и оперативного искусства ПВО были объединены в кафедру оперативного искусства ВВС, которая просуществовала до 2009 г.
С 2009 по 2013 г. предметная область кафедры преподавалась учебно-методической группой «Применение ВВС», находившейся в составе кафедры военного искусства.
В 2013 г. кафедра была воссоздана и стала называться – кафедра строительства и применения ВВС и Войск ВКО.
В 2015 г., в связи с созданием нового вида Вооруженных сил – Воздушно-космические силы, кафедра переименована в кафедру строительства и применения Воздушно-космических сил.
Основное предназначение кафедры строительства и применения Воздушно-космических сил:
подготовка военных кадров высшей квалификации в области национальной безопасности и обороны страны (по профилю кафедры);
подготовка научно-педагогических кадров для Воздушно-космических сил и войск войсковой ПВО высшей квалификации;
участие в повышении квалификации и переподготовке офицеров, руководящих и ответственных работников федеральных органов исполнительной власти в области обороны и обеспечения безопасности Российской Федерации (по профилю кафедры).
Кафедра участвует в преподавании дисциплин: «Национальная безопасность», «Военное строительство и строительство Вооруженных Сил», «Военная стратегия», «Оперативное искусство», «Военное управление» по разделам, касающимся строительства и применения Воздушно-космических сил и войск войсковой ПВО.
Основными видами деятельности кафедры являются: образовательная деятельность, методическая деятельность, научная деятельность, подготовка научно-педагогических и научных кадров, профессионально-должностная подготовка.
Перспективными направлениями развития кафедры являются: развитие научной школы кафедры «Строительство и применение ВКС и войск войсковой ПВО», стажировка преподавателей в высших органах военного управления, дальнейшее развитие учебно-материальной базы.
Кафедра структурно состоит из управления, учебно-методических групп: «Строительство и применение ВВС», «Строительство и применение войск ПВО–ПРО и Космических войск», «Строительство и применение войск войсковой ПВО», научно-исследовательской лаборатории (проблем строительства и применения ВКС).
С августа 2014 г. начальником кафедры является генерал-лейтенант Олег Владимирович Миленин, прибывший с должности заместителя командующего войсками Восточного военного округа, соискатель ученой степени кандидата военных наук.